財源の問題
長期にわたって民主党が主張してきた政策であるが、民主党の他の主要政策と同様に、どのようにして財源を確保するかが明示されていないことが問題点として指摘されている。財源は初年度で2兆2500億円、翌年からは倍の4兆5000億円ほど必要になる予定[5]。財源不足に対し、民主党は扶養控除と配偶者控除の廃止を充てるとされる。これによって得られる税収増は扶養控除8000億円、配偶者控除6000億円と子ども手当の必要経費にはるかに及ばない[6]。

税金のばらまき
子ども手当で景気対策になるという主張もある[25]が、世論調査によると貯蓄に回すという意見が多く子ども手当に対しての経済効果は薄いという[26]。民主党は与党の児童手当拡充案に反対を続けていたが、一方で、子ども手当法案を推進していることには公明党から批判の声が出ている

野田佳彦財務副大臣は31日のNHK番組で、2011年度からの子ども手当の満額支給（中学卒業まで1人当たり月額2万6000円）について「難しい。ハードルは高く、これからの作業になる」と述べた。財政状況が厳しい中では衆院選マニフェスト（政権公約）通りに実現するのは困難との見通しを示したものだ。

具体的な支給額については、野田副大臣は「（11～13年度予算の枠組みを示す）中期財政フレームをこれから（6月までに）策定する。3年間の歳出計画や歳入見通し、歳出削減をどうするのかを検討する中でやっていく」と説明した。さらに番組出演後、記者団に「（満額支給は）普通では困難なので、どういう（歳出・歳入での）知恵を出すのかだ」と語った。